Japanse duizendknoop is oorspronkelijk inheems in Japan, China, Taiwan en Korea. Tussen 1829 en 1841 is zij uit Japan ingevoerd door Von Siebold. Zijn kwekerij in Leiden is waarschijnlijk de bron van de meeste, zo niet alle, Japanse duizendknopen in Europa geweest. Japanse duizendknoop is een variabele taxon. De vorm die in Europa het meest wordt aangetroffen is de variëteit Fallopia japonica var. japonica. Dit is een octoploide (2n=88) vorm, waarvan buiten Europa alleen planten met functioneel vrouwelijke bloemen (met steriele meeldraden) worden aangetroffen. Alle Europese planten van deze variëteit behoren waarschijnlijk tot dezelfde kloon. Als tuinplant is ook Fallopia japonica var. compacta in de handel. Dit is een tetraploide (2n=44) plant, waarvan zowel tweeslachtige als vrouwelijke planten bekend zijn. Fallopia japonica var. compacta verschilt van var. japonica door de geringere afmetingen(slechts 30-70 cm hoog), bladeren die even lang als breed zijn, een gegolfde bladrand en een roodachtig bruin bloemdek. Er komen ook hexaploide (2n=66) vormen van Japanse duizendknoop voor. Deze planten onderscheiden zich van var. japonica door de meer langwerpige, donkergroene bladen met een iets gegolfde bladrand. Deze planten zijn waarschijnlijk kruisingen tussen var. japonica en var. compacta en hebben meestal tweeslachtige bloemen.

De eerste gedocumenteerde waarneming van verwildering binnen Nederland dateert uit 1886.Pas na 1950 is de soort op grote schaal gaan verwilderen. De groeiplaatsen ontstaan door het storten van tuinafval met plantenresten. Uit kleine stukken wortelstok kunnen al gauw nieuwe planten ontstaan. Japanse duizendknoop komt vooral voor op ruderale plekken nabij bebouwing. Door vegetatieve vermeerdering met behulp van kruipende wortelstokken kan de soort zich sterk uitbreiden en alle andere kruiden ter plekke verdringen. Ze ontbreekt alleen in de laagveengebieden en in grootschalige landbouwgebieden op kleigrond. De Boheemse duizendknoop (Fallopia x bohemica),de kruising van Japanse duizendknoop met Sachalinse duizendknoop (Fallopia sachalinensis) lijkt sterk op Japanse duizendknoop en wordt waarschijnlijk geregeld voor Japanse duizendknoop aangezien. De Boheemse duizendknoop is mogelijk algemener dan Japanse duizendknoop. Zie voor onderscheidende kenmerken de tekst bij dit taxon.